一、建立项目培育制度。各县区局在每年上报项目建议书前三个月，深入农业龙头企业、合作社查找项目源。对拟申报项目进行分类指导，符合条件的项目直接进入县级项目库；对存在缺陷且可以弥补的项目要跟踪服务，指导完善相关材料；对有申报意向但不完全符合条件的，则应做好培育工作，待条件符合时再予入库。
二、建立项目管理责任人制度。各县区局要在项目申报、建设管理、竣工验收等环节，落实管理责任,明确项目管理责任人,保证项目包干到人、责任到人。年度项目管理责任人落实情况由主要领导签字并加盖单位公章后报送市局。
三、建立项目建设保证金制度。在项目批复下达后，项目实施单位缴纳财政补助资金的5%-10%作为建设保证金(具体比例由县区依据当地实际情况自行确定)。项目通过县级验收后，退还保证金的50%；通过市级验收后，退还剩余部分。如发生因项目实施单位自身原因没有按进度建设、投入不到位或者不配合管理等情况，县区局可采取相应的处罚措施（具体办法由县区局自定）。
四、建立进度督查月报制度。项目管理责任人每月至少到项目现场督查1次，查看项目建设进度和质量。进度报表和现场照片需经县区局分管领导和管理责任人签字，并于次月5日前报市局。如未达到计划进度和质量要求，应说明情况并提出整改措施。对进度严重滞后且不配合管理的项目，县区局履行相关手续后有权终止项目。
五、建立核查审计制度。项目建设中期，由县区局统一聘请中介机构对建设内容、工程造价和财务账册等进行核查，发现问题，限时整改；项目建设完成后，由县区局统一委托审计机构对年度所有项目进行工程和项目审计，确保审计质量。核查、审计费用由项目实施单位承担。
六、建立考核通报制度。县区局要严格执行国家、省、市各项规章制度，明确管理责任。市级将加强日常督查考核，对项目管理出现问题较多的县区局和项目管理责任人将予以通报。
